Dalam menyelenggarakan fungsi pelayanan kesehatan perseorangan, Puskesmas Danurejan II melaksanakan :
a. Pelayanan Pemeriksaan Umum, Lansia, dan Anak
1) Pemeriksaan kesehatan umum dan lansia;
2) Konseling berhenti merokok;
3) Tindakan medis;
4) Pemeriksaan dan konsultasi kesehatan haji;
5) Pemeriksaan kesehatan siswa/calon pekerja/pekerja, visus, buta warna  (Surat Keterangan Sehat).
b. Pelayanan Kesehatan Gigi dan Mulut, meliputi ; scalling, penambalan gigi, pencabutan gigi, konsultasi.
c. Pelayanan Laboratorium, meliputi ; pemeriksaan darah, urin, dan pemeriksaan lain untuk NAPZA, HIV, IMS
d. Pelayanan Kefarmasian
e. Pelayanan Gawat Darurat
g. Pelayanan Kesehatan Lain
 
Dalam menyelenggarakan fungsi pelayanan kesehatan masyarakat, Puskesmas Danurejan II melaksanakan :
1. Layanan Kesehatan Ibu, Anak, dan Keluarga Berencana
a. Pertemuan Kelas Ibu
b. Penyuluhan KB
c. Desinfo untuk Kader Pendamping Bumil
d. Desinfo GSI tingkat Puskesmas
e. Sosialisasi ANC Terpadu
f. Kunjungan Ibu Nifas dan Neonatus
g. Monitoring Pelaksanaan SDIDTK Posyandu
h. Pelaksanaan DDTKA pada anak Pra Sekolah
2. Layanan Pencegahan Pengendalian Penyakit
a. Desinfo Data Imunisasi, BIAS, TB, HIV/AIDS di Sekolah, Penyakit Menular, penyakit tidak menular, gangguan jiwa
b. Sosialisasi ke masyarakat
c. Pemantauan pemberian obat cacing
d. Pelatihan Kader
e. Pembinaan Posbindu
3. Layanan Promosi Kesehatan
4. Layanan Kesehatan Lingkungan
5. Layanan Gizi